福建省電子口岸運營服務有限公司是根據福建省政府《關于研究與阿里巴巴集團合作、省電子口岸機制改革、發展互聯網經濟有關工作的紀要》（〔2014〕85號）精神及“一行業一平臺，一平臺一公司”原則，由省商務廳牽頭組織福州海關、福建省海事局、福州港務集團等口岸聯檢、運營單位，以福建省數字福建云計算運營有限公司原“單一窗口”平臺項目組為主體，于2017年7月17日組建成立。福建省數字福建云計算運營有限公司是福建省電子信息集團下屬全資子公司，定位為省級政務數據開放開發特許經營主體、互聯網巨頭合作主體、數據中心建設運營主體、大數據應用產業孵化平臺，提供IaaS服務、中小企業的公眾云業務為主，立足政務信息的基礎性支撐及運營中小企業公眾云相關業務。

福建省電子口岸運營服務有限公司依托福建省21世紀海上絲綢之路核心區的地域優勢，主要負責福建省電子口岸公共平臺和國際貿易單一窗口的發展規劃、實施包括大通關服務、宣傳推廣、人才培育、管理運維和引進項目的投資管理等。