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中國協和醫科大學出版社由衛生部主管，隸屬于中國醫學科學院北京協和醫學院， 1989年與北京醫科大學成立“北京醫科大學中國協和醫科大學聯合出版社”，1999年在協和老專家的支持下，經中央領導的批準，我社自聯合出版社獨立出來，并在國家工商總局注冊成為帶有“中國”字頭的出版社。此后，出版社穩步發展，在保持規模“小而精”的前提下，不段提高圖書質量和品種，積極參與國家項目及社會公益活動，在專業出版領域樹立起自己的風格。中國協和醫科大學出版社志在弘揚“協和”的科學精神、學術傳統和道德風范，努力推出代表我國醫學科學第一流水平的專著，為我國醫學科學界頂尖人才及優秀學者服務，為培養中青年醫學工作者服務，為提高全民健康水平服務，推動我國醫藥衛生事業的教學、科研、醫療工作的快速發展。出版社立社的宗旨是以優秀的民族傳統精神，組建具有活力的團隊；以全球思維，把握醫學發展脈搏；以創新精神，鍛造協和文化財富；以現代企業思想，創造高效益的媒體；以專業品質，搭建高水平學術研究平臺。協和醫大出版社秉承中國醫學科學院及北京協和醫學院優秀的學術傳統，堅守學術創新和學術出版陣地，堅持社會公益事業與規范市場運作結合，堅持不斷學術創新與滿足讀者需求結合，取得積極的社會效益，同時也保證經濟效益逐年增長。2008年，經協和老專家主張，由國家領導人批示，出版社承接國家重點出版工程《中華醫學百科全書》，召集全國各領域頂級專家，合力編研，鑄煉出版精品。此外，中國醫學科學院健康科普研究中心由出版社管理運營，研究健康科普手段及標準，推廣健康科普知識，服務于我國政府和廣大群眾，為規范我國健康科普市場、推動我國健康科普發展、提高人民群眾的科學意識和健康水平提供助力。自2006年起，中國協和醫科大學出版社連續3年舉辦了“祝您健康”醫患聯誼會，邀請我國醫學界，文化藝術屆名人與醫務工作者交流，促進醫學與文化互動，推動醫學與人文的融合。著名作家賀敬之、從維熙、柯巖；著名表演藝術家葛優、趙有亮、陶玉玲、盧奇、李琦；著名歌唱家王昆、卞小貞、屠洪剛、阿木提；著名哲學家趙汀陽；著名京劇表演藝術家耿其昌；著名主持人凌峰（臺灣）、司馬南、薛飛；著名導演翟俊杰、尚敬。他們在醫患聯誼會上向全國醫務工作者傾吐心聲，表達節日問候。出版社于2008年承接的原衛生部“醫學出版倫理”項目，協助國家擬訂醫學出版倫理準則，在制度層面為避免醫學科研中的學術不端行為起到了一定作用。2008年汶川大地震發生后，出版社聯系中國殘聯，聘請有關專家在一周內出版了一套《地震傷殘的康復與護理》叢書，捐贈災區的受傷群眾及醫護人員，幫助提高醫療護理的能力和水平。2010年協助中國新聞版總署制訂健康科普圖書出版準入標準，規范醫學科普圖書出版，為醫藥衛生保健類圖書出版，以及相關責任流程制定方面提供自己的經驗，同時也承擔起出版人的社會責任。協和醫大出版社多次榮獲高校優秀出版社、全國良好出版社、衛生部“杰出科技著作突出貢獻出版社”稱號。并多次獲得中國圖書獎、國家圖書獎、中華優秀出版物獎和中國人口文化獎等。《協和醫生答疑叢書》榮獲國家科學技術進步二等獎。協和醫大出版社始終以出版高品位、高質量的醫學圖書為己任，以“當醫生要當好醫生，當好醫生就要讀協和醫書”的口號自我鞭策，鑄造學術品牌，強化精品意識。近年來，出版社傾力打造的《國家執業醫師資格考試》系列圖書、如《醫學生考試中常見錯誤與對策系列叢書》、《職稱考試復習題系列》、《專科醫師培訓》系列等為廣大醫務人員掌握職業技能、獲取職業資格起到了獨有的作用，品牌既樹，口碑相傳。供醫事管理部門制訂政策參考的《國家衛生服務調查報告》系列、《中國公共衛生》系列、《中國衛生統計年鑒》系列、《中國醫藥衛生科技發展報告》系列等提供了我國醫療領域重要數據。協和醫大出版社出版的高質量、高層次的醫學專著已漸成規模，如《協和呼吸病學》、《協和血液病學》、《臨床腫瘤學進展》、《中國人生理常數與健康狀況調查報告》系列、《臨床醫療護理常規》系列、《醫師效率手冊》系列、《高級醫師案頭叢書》、《協和醫生答疑叢書》、《外科手術學系列》等融權威性、指導性、實用性一爐，貢獻于我國的學術積累和學科發展，使我社在醫學科研和臨床各界聲望日隆。此外，為配合深化教育改革、醫學課程改革、教學模式改革和填補國內一些醫學科學的學科空白，出版社在醫學教學建設上也屢有創新。先后推出“國家級規劃教材”的護理學本科教材、中醫基礎學科分化教材、預防醫學及公共衛生專業教材，并與全國高等醫學繼續教育協助組聯合推出臨床醫學及護理學“專升本”規劃教材。出版社還與美國、英國、日本、中國香港、中國臺灣等國家和地區開展了卓有成效的合作，并引進出版歐美著名醫學院校的教材影印版，其中多種被教育部列為國外優秀生命科學教材推薦使用。