南京應用數學中心是在南京市委、市政府的大力支持下，于2019年12月由南京麒麟科技創新園和東南大學共同設立的具有獨立法人資格的新型研發機構。中心聚集一流的學術人才，開展當代社會重要的應用數學問題的研究，為國民經濟和社會發展中的科學技術問題提供高效的解決方法和堅實的數學理論支撐。菲爾茲獲獎得者、美國科學院院士、中國科學院外籍院士、哈佛大學講座教授丘成桐先生擔任南京應用數學中心主任。
南京應用數學中心將以"凝聚一流科研團隊，建設一流研發機構，產生一流原創成果"為總體目標，將在計算幾何及其應用、大規模科學計算與介質成像、數據科學與智能科技、醫學成像與心腦血管疾病仿真建模與分析、智能電網建模與電力系統高性能計算等方向中選擇若干重要問題，以人工智能算法、加密算法、量子計算、工程解決方案為重點研究領域，建立十個左右穩定的具有世界一流水平的應用數學研究方向，開展具有重要應用背景的數學問題的建模、分析和計算。